Generálny sekretár riadi sekretariát SFZ.

Je priamym nadriadeným všetkým profesionálnym zamestnancom SFZ a zodpovedá najmä za realizáciu rozhodnutí schválených Konferenciou, Radou a Výkonným výborom v súlade s nariadeniami prezidenta.

Súčasným generálnym sekretárom SFZ je Jozef KLIMENT.

Jozef Kliment (1964) je absolventom Fakulty telesnej výchovy a športu Univerzity Komenského v Bratislave. V rokoch 2001-2007 pracoval na Medzinárodnom oddelení SFZ. V roku 2003 sa stal UEFA Venue Director najvýznamnejšej európskej klubovej súťaže - Ligy majstrov. Od mája 2007 až do konca roka 2010 pracoval v centrále UEFA ako manažér investičného projektu HatTrick na oddelení pre rozvoj národných zväzov. Súčasťou jeho pracovnej činnosti pre UEFA bola aj všestranná pomoc a konzultačná činnosť na základe špecifických požiadaviek jednotlivých národných zväzov. V jeho portfóliu bolo 21 krajín, pre ktoré zabezpečoval komunikáciu s jednotlivými divíziami UEFA.