Konferencia je najvyšším orgánom SFZ.

Konferencia môže byť riadna alebo mimoriadna.

Riadna konferencia sa koná raz za dva roky. Konferencia sa skladá okrem hostí, z delegátov, ktorých počet je 154. Konferencia okrem iných právomocí, volí prezidenta, viceprezidenta a členov Výkonného výboru, vytvára a ruší komisie.

Posledná riadna konferencia sa uskutočnila 25. septembra 2010, pričom delegáti zvolili nového prezidenta SFZ (Ján Kováčik), 9 členov Výkonného výboru, všetkých 36 členov Rady SFZ a predsedu revíznej komisie (Ján Lipták).

Dodatočná konferencia dňa 16. októbra 2010 zvolila zvyšných 3 členov Výkonného výboru, nakoľko počas riadnej konferencie nezískali kandidáti dostatočný počet hlasov.