Prezident je štatutárnym zástupcom SFZ. Okrem iných úloh koordinuje vzťahy medzi SFZ, UEFA, FIFA a zastupuje SFZ v rokovaní s rôznymi orgánmi (štát, samospráva, iné organizácie) a dohliada na prácu generálneho sekretára.

Od 25. septembra 2010 je prezidentom SFZ Ján Kováčik.

Ján Kováčik

Narodený: 4. decembra 1962 v Brezne

Stav: slobodný

Zamestnanie: podnikateľ a producent

Vzdelanie: SOU služieb v Banskej Bystrici

Jazykové znalosti: anglicky pasívne, rusky aktívne

Zaujímavosť: majiteľ FK Dukla Banská Bystrica, ktorý sa počas výkonu funkcie prezidenta SFZ vzdal všetkých funkcií v klube a výkon akcionárskych práv previedol na advokátsku kanceláriu